MacのメモアプリではiOSのメモアプリで設定できないネストフォルダが利用可能になっているそうです。詳細は以下から。
AppleはOS X 10.11 El CapitanおよびiOS 9でメモアプリをEvernoteやOneNoteの様なデジタルノートアプリへアップデートしましたが、MacworldのエディタDavid SparksさんによるとMacのメモアプリではiOSのメモアプリで利用できないネストフォルダ（フォルダの階層）を作成することが出来るそうです。
One of my issues was the inability to nest folders. I was wrong about that. You can nest folders in Apple Notes on the Mac and then it will propagate down to iOS.
検証
試してみましたが、Davidさんの指摘通りMac(OS X 10.11.4)では作成したフォルダを他のフォルダにドラッグ＆ドラッグすることでネストフォルダを作成することが可能でしたが、iOSデバイス（iOS 9.3)ではこのネストフォルダを作成することは出来ないようで、
Open Apple Notes on your Mac and simply drag an existing folder on top of another. That adds a disclosure triangle to the folder and placed the moved folder inside the destination folder. Then open up the Apple Notes application on your iPhone or iPad and give it a second to synchronize and you’re good to go.
現在のところiOSのメモアプリでネストフォルダを利用するには、Mac側でネストフォルダを作成した後iCloudでiOSデバイスと同期しなければいけないようです。
AppleはOS X 10.11.4とiOS 9.3でメモアプリのソート機能やパスワードロック、EvernoteやHTML, RTFファイルのインポート機能[1, 2]を追加しているのでDavidさんは次期OS X, iOS 10でメモアプリが同じ機能を持つのではないかと期待しています。
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コメント
iOSからもフォルダ作成できるぞ。
どちらからでしか出来はないとか不便すぎる。
フォルダは俺もできたけど、フォルダinフォルダは出来なくね？
長押しタップとか何か特別なジェスチャでできたりする？
1年前からこれやってたけどみんな知らなかったのか
ずっと前からできてたよ
連絡先のグループも知らない人いるし
ちゃんとアピールしないアップルも悪いか
ipadからmacにair dropでノート拾い出してるときに気が付いた。
フォルダがどうこうより、air dropするノートの中身が1行とか先頭行が空行だと
送信できないことの方が問題だな。
なんの理由で送信できなかったのか、レポートされない。
ノートの先頭行を使ってファイル名を作ろうとするから、先頭行が
ファイル名として不適切だと失敗すると思ってる。
知らなった・・・