OS X 10.9.3 Mavericksで/Usersディレクトリが非表示になるのはOS Xのせいではなく、「iTunes 11.2」と「Macを探す」が原因のようです。詳細は以下から。
Hidden Users Folder Result of iTunes 11.2 and Find My Mac Combination, not 10.9.3 http://t.co/MOEjWCmWvh
「OS X 10.9.3 Mavericksにアップデート後、ユーザーディレクトリ（/Users）が非表示になる現象
IRC（#osx-server）で様々な検証が行われた結果「Find My Mac（Macを探す）を有効にすると、Find My Macがゴーストアカウントを使って/UsersディレクトリをVanishしてる」という挙動を複数のユーザーが確認しており、更にTwitterでは「OS X 10.9.2でも、iTunes 11.2をインストールしてFMM（Find My Mac）を有効にすると消えた！」という検証をしてくれているユーザーもいます。
#macadmin Confirmed that iTunes 11.2 + FMM hides /Users even on 10.9.2 (13C1021)
#macadmin Confirmed: Fixing permissions on /Users with FMM *enabled* + iTunes 11.2 does *NOT* survive reboot. It will be rehidden.
上：OS X 10.9.2でiTunes 11.2 + Find My Macを使用して/Usersが消えることを確認
下：Find My Macを有効にし、Permissionを修復。iTunes 11.2を使用していない状態でもリブート後消えることを確認
「今まで問題のないMacでも”Find My Mac”を有効にするとPermissionが変更されて/Usersが消える」とのことでOS X 10.9.3 と iTunes 11.2を入れて/Usersディレクトリが消えていなかったMacで検証してみたところ確かにPermissionが変更され/Usersが消えたのでどうやらiTunes 11.2の問題のようです。
対処法
この不具合を再発させないためには
1.システム環境設定から[iCloud]を選択して[Macを探す]をOFFにする。
2.ターミナルで$sudo chflags nohidden /Users（/Users/Shareが消えている場合はSharedも）を実行。
3.ディスクユーティリティでアクセス権の修復。(*再起動後/Usersを確認してみてください）
おまけ
あるユーザーがAppleに質問したところ「/Usersが非表示になるのは意図的（intended behavior）にやっている」という回答を得たようですが本当かどうか分かりません。
@davehamilton Called Apple about this, and was told it was intended behavior.
関連リンク：
・Users folder being hidden with iTunes 11.2 installed and Find My Mac enabled
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コメント
Macを探すを”ON”にしなければ消えないと言う事で決着が付いたのかな？
もう少し待ったら又、何か出てくるかな。悩む。
アップデート後、Macを探すをONにしたら見事に消えるね
面倒なんで次のアプデ待つか
iTunes 11.2をインストールしたMacで「Mac を探す」を有効にするとUsersが消えるってことは
・Usersが消えると困るアプリやsystemコマンドを使っている場合→Mac を探すが使えない
・Mac を探すを使いたい場合 → 再起動のたびに Usersを表示させてアクセス権の修復
のどっちかを取るしかないってことか…面倒い(´･ω･`)
「Find My Mac」はオフにしてたのにユーザフォルダが消えました。そもそも、アップデート後にディスクユーティリティで検証 しても、「Users」と「Users/Shared」関連のエラーは表示されない（のに消えている）のですが…
Finderのサイドバーにユーザー名を表示させているから、困らないけどね。
そもそも、Usersフォルダをクリックする事ないので。
皆はそんなに困るの？
>>5
他アプリケーションやシステムレベルでトラブルが起きないか心配してる人が多い
>>5
Usersディレクトリのパーミッションがrwxrwxrwxになってるとか精神的に不安なだけじゃなく、セキュリティ上危ない。
ファイル共有してたら丸見えだし、何されるかわからないよ。
当方の場合は、Macを探すが”OFF”になっていますが、ユーザフォルダが表示しません。
Macを探すを”OFF”でもダメな人続出してるんですね。やっぱり待ちかな。
これのアップデートは来るのかな？まさか、10.9.4まで待てとか言わないよね。Appleさん。
本日、Appleが、｢iTunes 11.2.1｣をリリースしました。このアップデートにより、話題になっていたユーザーディレクトリが不可視化され、見えなくなる問題が修正されます。
MBP15inch,2013lateとmacbookair11,2011midのユーザフォルダが昨晩から消えてしまったことで困り、かつ消えた理由もわからず、先程17時までアップルコールセンターとやり取りしていましたが、結局解決せず、匙を投げられましたが、その電話中にairが偶然にもiTunesのアップデートを始めましたが、コールセンターはこの事象を理解しておらず、結果どうにもならず、電話を切りました。その後もどうしようもなく途方に暮れていたところ、airの方が突然ユーザフォルダが見えるようになったので、驚き、さらに混乱していましたが、この記事を拝見して、macbookproもiTunes11.2.1にアップデートしたところ、解決しました！本当にありがとうございました！結果2台ともユーザフォルダが見えるようになりました！今回のアップルコールセンターの対応は残念でした。
本当だ
よくわかんなかったけど治ったから良しとしよう。